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ATAC-seq 研究常見思路分享
發(fā)布時間:2020-04-22 瀏覽次數(shù):9887
在有限的細(xì)胞核空間中,基因組的大部分是緊密折疊的,僅留下需要轉(zhuǎn)錄的部分是開放的。打開的染色質(zhì),就允許一些調(diào)控蛋白(比如轉(zhuǎn)錄因子和輔因子)跑過來與之相結(jié)合。而染色質(zhì)的這種特性,就叫做染色質(zhì)的可及性(chromatin accessibility)。ATAC-seq是利用高通量測序檢測轉(zhuǎn)座酶易接近的染色質(zhì)的技術(shù)。 ATAC-seq只需要很少的細(xì)胞就能鑒定基因組中所有活躍的調(diào)控序列。

在有限的細(xì)胞核空間中,基因組的大部分是緊密折疊的,僅留下需要轉(zhuǎn)錄的部分是開放的。打開的染色質(zhì),就允許一些調(diào)控蛋白(比如轉(zhuǎn)錄因子和輔因子)跑過來與之相結(jié)合。而染色質(zhì)的這種特性,就叫做染色質(zhì)的可及性(chromatin accessibility)。ATAC-seq 是利用高通量測序檢測轉(zhuǎn)座酶易接近的染色質(zhì)的技術(shù)。ATAC-seq 只需要很少的細(xì)胞就能鑒定基因組中所有活躍的調(diào)控序列。

應(yīng)用方向

1、腫瘤研究;

2、胚胎發(fā)育;

3、免疫系統(tǒng)疾病。


案例分享 [1]  




研究思路            



研究結(jié)果            

綜上所述,作者發(fā)現(xiàn) IHs 的核染色質(zhì)比正常組織的核染色質(zhì)更開放,這證實了 IHs 的新血管化和腫瘤特征,以及表觀遺傳學(xué)在 IHs 中確實發(fā)揮了作用。共鑒定到 252 個基因,分別為 SPDEF、REVERB、TBX20、EBF1、SOX4、GATA:SCL 和 SOX6。認(rèn)為 TFs SPDEF 和 SOX4 可能參與了 IHs 的發(fā)病機(jī)制。SPDEF 可能通過 EPHA5、zbtb46 和 SASH1 起作用,而不是引起差異表達(dá);SOX4 可能通過 MMP12 和 HIVEP3 發(fā)揮作用。在增殖中期和晚期,不受調(diào)控的 EPHA5、ZBTB46 或 SASH1 發(fā)揮抑制作用,而 mmp12 或 HIVEP3 的促進(jìn)作用被下調(diào)。研究結(jié)果提高了對 IHs 的認(rèn)識。


案例分享 [2]     

      


研究思路            


研究結(jié)論            

文章使用高靈敏度的 ATAC-seq 分析人 α 細(xì)胞和 β 細(xì)胞中的開放染色質(zhì),高精度定位潛在的 α 細(xì)胞和 β 細(xì)胞特異性基因的調(diào)控區(qū)域。與人 α 細(xì)胞和 β 細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的整合發(fā)現(xiàn)了這兩種細(xì)胞類型的特征基因。對 ATAC-seq 所定義的開放染色質(zhì)區(qū)域與一些糖尿病風(fēng)險 snp 位點有重疊,以及對可能在 α 和 β 細(xì)胞中發(fā)揮重要作用的新轉(zhuǎn)錄因子有富集。本研究為未來的研究提供了一個重要的數(shù)據(jù)集和多種新的研究途徑。

兄 dei!是否擔(dān)心你的數(shù)據(jù)?

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