前期軟文我們整理了單細(xì)胞核測序（snRNA-seq）相對于單細(xì)胞測序（scRNA-seq）的一些優(yōu)勢，包括細(xì)胞類型多樣性，酶解偏好性，樣本類型（冰凍或者新鮮樣本），酶解產(chǎn)生的應(yīng)激性等方面。涉及的組織主要集中在腦，腎臟和心臟。

其實(shí)，snRNA 測序還有其他的優(yōu)勢，比如可以更好的研究基質(zhì)內(nèi)嵌的間充質(zhì)細(xì)胞；減少線粒體相關(guān)基因，管家基因的檢測；以及可以識別更多的 lncRNAs。

那么今天小編再跟大家分享兩篇關(guān)于 snRNA-Seq 在胰腺癌和肺組織中的應(yīng)用。

文章展示

眾所周知，胰腺癌樣本與其他類型的組織樣本相比，其核酸酶含量高、間質(zhì)致密，導(dǎo)致 RNA 質(zhì)量降低、活細(xì)胞數(shù)量減少，因此很難制備質(zhì)量合格的細(xì)胞懸液。

2020 年 8 月來自哈弗大學(xué)，麻省理工學(xué)院等多所研究機(jī)構(gòu)的研究人員對接受新輔助化療和放射治療以及未接受以上治療病人的冷凍保存的 PDAC 標(biāo)本（個(gè)別樣本保存長達(dá) 7 年）進(jìn)行了單細(xì)胞核測序。結(jié)果共獲得 138,547 個(gè)高質(zhì)量的細(xì)胞核數(shù)據(jù)，其中包含惡性腫瘤細(xì)胞，不同的免疫細(xì)胞，內(nèi)分泌細(xì)胞和腺泡細(xì)胞等。研究發(fā)現(xiàn)，SnRNA-seq 可以很好的檢測到惡性細(xì)胞，基質(zhì)細(xì)胞的組成在治療前后的差異，基底樣惡性細(xì)胞和分化狀態(tài)的細(xì)胞的富集。snRNA-seq 數(shù)據(jù)也有助于確定 PDAC 外分泌樣細(xì)胞和 ADEX 亞型是否真實(shí)存在，是否是來自正常組織的污染。

圖 ?snRNA-seq 的 PDAC 捕獲了具有代表性的細(xì)胞類型分布的惡性，上皮，免疫和間質(zhì)

此外，作者使用多路離子束成像（MIBI，Multiplexed?Ion?Beam?Imaging) 進(jìn)一步評估了 snRNA-seq 的結(jié)果，發(fā)現(xiàn) snRNA-seq 可以檢測到 PDAC 代表性的細(xì)胞類型及其相對比例。

圖 ? 與原位評估相比，snRNA-seq 捕獲有代表性的細(xì)胞類型分布

—— AUT??UMN ——??

2020 年 8 月來自圣路易斯華盛頓大學(xué)醫(yī)學(xué)系肺科和危重護(hù)理科的研究團(tuán)隊(duì)同時(shí)做了 scRNA-seq，以及兩種不同方法提取的細(xì)胞核的 snRNA 測序，結(jié)果共得到 16,110 個(gè)單細(xì)胞核數(shù)據(jù)和 11,934 個(gè)單細(xì)胞數(shù)據(jù)。在同時(shí)考慮內(nèi)含子和外顯子的序列時(shí)，snRNA-seq 和 scRNA-seq 基因檢出率相似，snRNA-seq 的解離偏值降低。snRNA-seq 可以提高間充質(zhì)細(xì)胞，上皮細(xì)胞類型包括基底細(xì)胞和神經(jīng)內(nèi)分泌細(xì)胞的檢出率。相反，snRNAseq 在免疫細(xì)胞的檢測方面要低于 scRNA-seq。

本研究還指出，由于核 RNA 質(zhì)量難以評估，因此抑制 RNA 酶的活性是一種有效的方法，但是不同的組織中 RNA 酶的含量不一樣，因此在制備單細(xì)胞懸液時(shí)，要考慮 RNA 酶抑制劑的量，處理時(shí)間，溫度等因素。

圖 ? 細(xì)胞聚類 tsne 圖

參考文獻(xiàn)：

1、Hwang?W?L,?Jagadeesh?K?A,?Guo?J?A,?et?al.?Single-nucleus?and?spatial?transcriptomics?of?archival?pancreatic?cancer?reveals?multi-compartment?reprogramming?after?neoadjuvant?treatment[J].?bioRxiv,?2020.

2、Koenitzer?J?R,?Wu?H,?Atkinson?J?J,?et?al.?Single?nucleus?RNASeq?profiling?of?mouse?lung:?reduced?dissociation?bias?and?improved?detection?of?rare?cell?types?compared?with?single?cell?RNASeq[J].?bioRxiv,?2020.

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